Рубрика «Читаем статьи за вас». Декабрь 2017 — Январь 2018 +64



Привет, Хабр! Продолжаем публиковать рецензии на научные статьи от членов сообщества Open Data Science из канала #article_essense. Хотите получать их раньше всех — вступайте в сообщество!


Статьи на сегодня:


  1. LightGBM: A Highly Efficient Gradient Boosting Decision Tree (Microsoft Research, NIPS 2017)
  2. Deep Watershed Transform for Instance Segmentation (University of Toronto, 2017)
  3. Learning Transferable Architectures for Scalable Image Recognition (Google Brain, 2017)]
  4. AdaBatch: Adaptive Batch Sizes for Training Deep Neural Networks (University of California & NVIDIA, 2017)
  5. Density estimation using Real NVP (University of Montreal, Google Brain, ICLR 2017)
  6. The Case for Learned Index Structures (MIT & Google, Inc., NIPS 2017)
  7. Automatic Knee Osteoarthritis Diagnosis from Plain Radiographs: A Deep Learning-Based Approach (Nature Scientific Reports, 2017)

Ссылки на прошлые сборники серии:



1. LightGBM: A Highly Efficient Gradient Boosting Decision Tree


Авторы статьи: Guolin Ke et. al., Microsoft Research, NIPS 2017
> Оригинал статьи
Автор обзора: Федор Шабашев (@f.shabashev в слэке)


LightGBM позиционирует себя как библиотека для быстрого обучения бустинговых моделей и недавно разработчики lightGBM опубликовали на NIPS статью в которой описали две эвристики помогающие обучать бустинг на деревьях быстрее. Обе эвристики были реализованы в lightGBM примерно 6 месяцев назад.


  1. Gradient-based One-Side Sampling (GOSS) — эвристика заключается в том чтобы на каждом шаге бустинга субсемплировать объекты с маленькими градиентами. То есть считается градиент на каждом объекте, объекты сортируются по убыванию абсолютного значения градиента, далее для построения следующего дерева берется только top N объектов с самым большим градиентом и субсемпл остальных объектов.
    Как утверждают авторы эта эвристика позволяет сократить время обучения в 2 раза при незначительном ухудшении качества модели.
    Включается эта эвристика выставлением параметра boosting равным goss. GitHub docs


  2. Exclusive Feature Bundling (ERF) — эвристика заключается в том чтобы склеить несколько sparse признаков в один.
    Таким образом, еще до построения первого дерева, берется несколько признаков вида:

(1, 1, 0, 0, 0, 0)
(0, 0, 0, 1, 1, 0)
(0, 0, 0, 0, 0, 1)


и преобразуется в один признак вида:


(1, 1, 0, 2, 2, 3)


После такой склейки вычисление оптимального сплита будет идти быстрее, так как признаков станет меньше.
Как утверждают авторы, эта эвристика тоже дает значительное ускорение на некоторых датасетах.
Насколько я понимаю ERF включена по умолчанию. GitHub config. Поэтому если sparse фичей в датасете нет, то может быть полезно ее выключить.




2. Deep Watershed Transform for Instance Segmentation


Авторы статьи: Min Bai, Raquel Urtasun, University of Toronto, 2017
> Оригинал статьи
Автор обзора: Владимир Игловиков (тут и в слэке ternaus )



Статья пытается решить вот такую задачу: пусть у нас есть картинки причем не важно, grayscale, RGB, спутники, еще что-то. И есть бинарные маски, которые выделяют какой-то тип объекта, то есть задача Semantic Segmentation уже решена.


Теперь хочется порезать бинарную маску на отдельные объекты. То есть сделать именно то, на чем надавние победители Urban3d (albu, @selim_sef, Victor) во многом и вырвали победу и деньги у гусей. Пусть есть вот такое предсказание домиков на спутниковом снимке (зеленое — предсказанная маска)



В статье предлагается некий фреймворк, который как раз и позволяет применить watershed transform, но в более интеллектуальном end2end Deep Learning режиме.


Итак, шаги, которые они осуществляют:


  1. Бинарная маска, которая у нас есть, прилепляется четвертым каналом на вход (возможно без этого можно обойтись).
  2. По бинарной маске NxN создается векторное поле, где каждому пикселю сопоставляется unit vector, который по градиенту от distance transform направлен к ближайшей границе. Представляется как матрица (2xNxN)
  3. Тренируется некая сеть (думаю, что архитектуру можно 100500 раз улучшить, но это не суть), которая берет на вход 4 канала (RGB + binary mask) а на выход идет посчитанное в п.2
  4. Для каждой маски делается watershed transform и находится уровень отсечки (Energy level) которые позволяет исходную маску побить на инстансы.
  5. Тренируется вторая сеть, которая на вход берет п.2, то есть выход из п.3 а на выходе осуществляет классификацию, целью которой является предсказание бинаризированного уровня энергии из п.4.

В общем, если по простому, то ребята предложили нейросетевой способ осуществлять бинаризацию watershed transform.


  • и, это они молодцы, сделали сабмит на Instance Segmentation на CityScapes — там у них шестое место на LB.

В приницпе все это действо, то есть


  • сегментацию
  • предсказание векторного поля
    -предсказание уровня энергии

можно собрать в один пайплайн, да еще и шаринг фич агрессивный устроить (Типа как Faster RCNN встал на плечи Fast RCNN) и получить достаточно сильную и скорее всего шуструю модель




3. Learning Transferable Architectures for Scalable Image Recognition


Авторы статьи: Barret Zoph, Vijay Vasudevan, Jonathon Shlens, Quoc V. Le. Google Brain, 2017
> Оригинал статьи
Автор обзора: Максим Лашкевич (тут BelerafonL, в слэке belerafon)


В-общем, они делают мета-учителя для поиска самой оптимальной архитектуры для распознавания изображений: типа LSTM у них генерит архитектуру, они эту архитектуру с нуля обучают распознавать картинки, а получившую точность используют как награду для RL алгоритма, который учит эту самую LSTM. И получили этим самым стейт-оф-арт на имейджнете.


В общем, они говорят – обучать такую штуку сразу на имейджнете нереально, потому как чтобы RL алгоритм что-то там выучил, нужно десятки тысяч итераций, и позволить себе такое даже гуглу не под силу. Поэтому давайте обучать на CIFAR-10, только надо вот как-то потом распространить результат на имейджнет. Но как распространить на другой датасет сгенерированную архитектуру, которая вообще непонятно как работает и почему именно такая? Чтобы можно было это сделать, они вводят для мета-учителя определенные ограничения, чтобы он искал оптимальную архитектуру, но не абы какую, а чтобы она состояла из последовательных однотипных слоев (клеток, Cell): Normal Cell, которая предполагается как усложненная замена сверточному слою и должна выучивать какие-то фичи, и Reduction Cell, которая должна выполнять понижение размерности. И типа если такие оптимальные клетки будут найдены на CIFAR, то для имейджнета можно просто их настекать побольше и всё, работать должно типа тоже хорошо. И, как ни странно, это прокатило, и так и есть – рисунок показывает как они стекают клетки эти.



Ровно половину статьи занимают бенчмарки, как это всё получившееся хорошо работает. Что везде, значит, стейт-оф-зе-арт результаты, и на имейджнете, и на сегментации, и для мобильных сетей с малыми ресурсами, и что и точность выше получилась, и вычислений у этой сгенеренной сети меньше получается и волосы кучерявее. Я результаты приводить не буду, кому надо смотрите их таблички, я лучше расскажу, как работает генератор этой сети и что там зачем.


Значит, используют в качестве генератора простую однослойную LSTM в 100 нейронов в скрытом слое. На вход она не получает ничего (как я понял), просто с места плюется конфигурацией архитектуры (а точнее конфигурацией Normal Cell и Reduction Cell, а они уже стекаются потом заданное вручную кол-во раз).


Генерируют архитектуру клетки они блоками (см. рисунок): каждый блок содержит два входа и один выход (тензоры).



Для каждого входа генератор может выбрать по какой-то операции, которую берет из предопределенного набора, который они подобрали эмпирически из лучших традиций построения нейросетей (список рядом с первым рисунком), затем производится соединение результатов этих двух операций в один тензор, точно также выбираемой LSTM операцией.


Здесь эта операция может быть или сложение, или конкатенация. Получается у блока один выход. Этот выход добавляется в список доступных «входов» для следующего блока. И потом генерируется следующий блок. Таким образом, процесс генерации такой:


  1. Выбирается первый вход, с которым что-то делаем (для первого блока это может быть выход предыдущего слоя или слоя под ним, или входные данные, если это первый слой). Т.е. LSTM выдает софтмаксом номер, какой вход брать. И это и учится через RL.
  2. Точно также выбирается второй вход.
  3. Выбирается операция, что делать со входом 1 (из списка операций на картинке выше)
  4. Тоже самое для входа 2.
  5. Выбирается операция объединения результатов шагов 3 и 4, а получившийся выход добавляется к пуллу доступных входов для генерации следующего блока. Т.е. в пунктах 1 и 2 для следующего блока LSTM будет выбирать входы из списка, в который уже добавлен выход получившегося блока.

Таким образом, для генерации одного блока LSTM плюется пять раз. И таких блоков для каждого Cell они выбрали… тоже 5. Видимо, чтобы запутать с той 5, которая количество шагов генерации блока. Поэтому для генерации одной клетки LSTM плюется 25 раз. А так как надо сгенерить и Normal Cell, и Reduction Cell, то надо плюнуть еще в два раза больше. Они записывают это как формулу 2 ? 5B, где B, гиперпараметр количества блоков, равен 5.
Так, результат наилучших сгенерированных Cell показан на рисунке.



Почему так – спрашивайте у LSTM, она лучше знает. Но типа тут есть и мотивы residual соединений, и каких-то нетипичных для современных архитектур блоков и вообще ничего непонятно. Но работает хорошо для вообще разных сетей по распознаванию и сегментации изображений. Главное, настекать желаемое кол-во раз. Интересно, что это не единственные хорошие клетки, и есть другие, которые тоже работают хорошо, но визуально внутри совсем другие (есть там в приложении картинки других).


Также они сравнивают метод обучения. Типа спорно, что RL учит чему-то там лучше, чем random search, и поэтому они провели эксперименты с брутфорсом по подбору архитектуры и показали, что RL работает-таки лучше.



К слову, для RL они применяют Proximal Policy Optimization https://blog.openai.com/openai-baselines-ppo/. Учат они это добро на 500(!) GPU, где почти все они — это ведомые воркеры, которые проверяют сгенерированные LSTM архитектуры. Кол-во итераций (обученных нейросетей на CIFAR) – десятки тысяч.


Итог.


  1. Сам алгоритм мета-обучения оказался очень простой. По сравнению со всякими там альфа-go, тут одна худая LSTM и всё. Никакого рокет-саенс.
  2. Идея с тем, чтобы не генерить всю архитектуру, а генерить универсальные клетки, которые можно стекать, бесспорно, отличная и она и взлетела.
  3. Результаты на распознавании картинок афигенны, можно брать и юзать найденную архитектуру клеток в своих проектах распознавания картинок, должно работать.
  4. Повторить дома их результаты в силу необходимости 500ГПУ не представляется возможным, как и, впрочем, все остальные аналогичные гугловые работы.



4. AdaBatch: Adaptive Batch Sizes for Training Deep Neural Networks


Авторы статьи: A. Devarakonda, M. Naumov, and M. Garland, University of California & NVIDIA, 2017
> Оригинал статьи
Автор обзора: Егор Панфилов (в слэке egor.panfilov)


Так сложилось, что при обучении DNN на маленьких батчах выше сходимость и находятся более качественные решения. Но вот только скоро лопнет пузырь Bitcoin, и на рынке появится много шального железа, которое хорошо бы уметь утилизировать для обучения в параллель (i.e., учить на больших батчах).


Авторы предлагают novel (лол) подход AdaBatch, в котором размер батча увеличивается в процессе обучения адаптивно. В некотором смысле, это эквивалентно использованию learning rate decay, однако, авторы показывают, что обе техники можно применять вместе.
Проверка идеи осуществлялась на VGG, ResNet, AlexNet на датасетах CIFAR-10, CIFAR-100, ImageNet. Сравнивали с аналогичными архитектурами, где batch size фиксирован.
На одной P100 на CIFAR-100 каждые 20 эпох применяли learning rate decay 0.75, а для адаптивного метода еще и повышали размер батча в 2 раза. В результате сеть с адаптивным batch size набрала такое же качество, как и с маленьким, но прямой и обратный проход происходили в среднем в 1.25, 1.15 и 1.46 раза быстрее (соотвественно, по архитектурам).


Следующим экспериментом смешали 4 P100-е и PyTorch.nn.DataParallel и разогнались до батчей 1024-16384 (использовали lr warmup (техника от Facebook, если помните) в начале, после — lr decay 0.5 и удвоение батча каждые 20 эпох). По результатам — опять достигли качества, аналогичного обучению с фиксированным батчем 128, но в 3.5 раза быстрее для VGG19 и 6.2 раза быстрее для ResNet-20.


Хотели еще замерять на ImageNet, но в видеокартах кончилась память на батче в 512, и авторы решили аккумулировать градиенты (прогоняя батчи один за одним, и только потом применяя backprop). Понятное дело, что ускорение обучения в таком раскладе измерить затруднительно, но по точности сравнить можно. AdaBatch с начальным батчем в 4096 и конечным 16384 показывает опять же соизмеримые результаты с обучением на фиксированном 4096.




5. Density estimation using Real NVP


Авторы статьи: Laurent Dinh, Jascha Sohl-Dickstein, Samy Bengio. University of Montreal & Google Brain, ICLR 2017
> Оригинал статьи
Автор обзора: Артур Чахвадзе (в слэке @nopardon)


Иногда хочется моделировать сложные распределения, из которых просто получить выборку и у которых можно эффективно считать плотность в точке. Например, такая задача возникает при обучении глубоких байесовских сетей, где от гибкости вариационного распределения зависит точность оценки обоснованности.


Существует два основных подхода к этой задаче. Авторегрессионые модели, такие как MADE, NADE, PixelRNN, PixelCNN, и тд. раскладывают совместное распределение p(x1, x2, x3, …) на произведение условных p(x1)p(x2|x1)p(x3|x2, x1)… Они позволяют моделировать весьма гибкие семейства, но плохо масштабируются на данные высокой размерности, поскольку сложность семплирования пропорциональна размерности случайной величины.


Альтернативный подход основан на формуле замены переменных: если случайная величина z с плотностью p(z) преобразуется некоторой обратимой функцией f, плотность f(z) равна p(z)/|det J|, где J — якобиан f.
Нормализующие потоки используют этот факт чтобы строить сложные распределения, применяя последовательность обратимых функций к нормально распределенному шуму. Основная проблема подхода — рассчет якобиана в общим случае требует O(n^2) операций, что недопустимо для данных высокой размерности. Первые предложенные потоки, планарный и радиальный, имеют очень простую форму и позволяют посчитать определитель якобиана явно за линейное время, однако, для получения сложного распределения необходима очень длинная цепочка таких преобразований.
Inverse Autoregressive Flows используют отображения вида z -> z + f(z), где f — нейронная сеть с авторегрессионной структурой, то-есть выход f(z)[i] зависит только от z[j] с j < i. Якобиан такого преобразования — нижнетреугольная матрица c единицами на диагонали и его определитель равен единице. На практике, к сожалению, оказывается что из-за авторегрессионной структуры сети, такие преобразования не так эффективны, как хотелось бы.


Авторы статьи предлагают использовать сеть, состоящую из “сдвоенных слоев“. Каждый “сдвоенный слой” обратимо переводит n-мерный входной вектор X в n-мерный вектор Y. Сначала элементы вектора X разделяются на два множества — X_a и X_b. X_a без изменений отображается в себя: Y_a = X_a. На X_b слой действует аффинным преобразованием, параметры которого задаются частью X_a: Y_b = X_b * exp(scale(X_a)) + shift(X_a), где scale и shift — произвольные нейронные сети. Якобиан такого отображения имеет блочно-треугольную структуру, причем диагональные блоки являются диагональными матрицами. Предложенные слои позволяют моделировать очень сложные распределения (например, распределение лиц) и не требуют сетей вроде MADE или PixelCNN в качестве авторегрессионных функций


Стал разбираться подробнее, оказывается, авторы публиковали статью с почти той-же идеей еще в 2014 году. При этом в статье про Normalizing Flows пишут что планарный поток работает лучше. Видимо, RealNVP/NICE начинает нагибать когда размерность большая и можно эксплуатировать структуру в данных, например, сверточными сетями.


Что касается IAF, мне пришлось в свое время долго ковырять MADE палкой чтобы получилось лучше чем хотя-бы Housholder Flow, который, вообще-то, линейный.


А вот тут RealNVP используется чтобы распределения на веса параметризовать. На мнисте вроде работает.




6. The Case for Learned Index Structures


Авторы статьи: Tim Kraska, Alex Beutel, Ed H. Chi, Jeffrey Dean, Neoklis Polyzotis. MIT & Google, Inc., NIPS 2017
> Оригинал статьи
Автор обзора: Евгений Васильев (в слэке evgenii.vasilev)


Подходы к индексации данных давно уже более менее устаканились, но ребята из гугла считают что пошатав нейросети улучшить можно всё и в данном случае у них кажется получается. Индексацию данных по сути можно свести к ML проблеме, есть вход — ключ и нужно предсказать его расположение в отсортированной таблице. Сначала они пробуют решить проблему в лоб и скормить все это одной сети, но выясняется что это затратно и не оптимальнее B-Tree, с которой они сравнивают модель. Вместо этого они предлагают "рекурсивную регрессионную модель", которая по сути представляет из себя иерархию из очень простых нейронных сетей. Верхний слой берет ключ и предсказывает которой модели из нижнего слоя отдать этот ключ дальше на предсказание, а самая нижняя модель уже предсказывает позицию в таблице. Эту систему можно так же миксовать с B-Tree, заменив самые нижние модели предложенной рекурсивной модели, которые предсказывают непосредственную позицию ключа в таблице на B-Tree что по их мнению должно дать ускорение. Они сравнили разные архитектуры B-Tree и двухуровневой рекурсивной модели. В предлагаемой ими модели архитектура нейронки подбиралась гридсерчем из 0-2 слоев по 4-32 нейрона. Бенчмарки делали на трех разных датасетах с размером от 10 до 200м значений и система построенная на ML оказалась 3х быстрее и занимала в разы меньше места. Они так же попроовали сравнить новую систему с Хэш-таблицей и фильтром Блума (проверка наличия ключа в таблице), где она оказались примерно такой же по скорости как и классические модели, но занимала немного меньше места. Самое интересное что все бенчмарки были сделаны на CPU. Авторы считают что с GPU/TPU возможности по улучшению огромные и дают много идей для дальнейшего рисерча. В целом советую почитать статью, она очень хорошо написана.






7. Automatic Knee Osteoarthritis Diagnosis from Plain Radiographs: A Deep Learning-Based Approach


Авторы статьи: Aleksei Tiulpin, Jerome Thevenot, Esa Rahtu, Petri Lehenkari, Simo Saarakkala. Nature Scientific Reports, 2017
> Оригинал статьи
Автор обзора: Aleksei Tiulpin (в слэке lext)


Чего тут особенного кроме высокого импакта журнала.


  1. Впервые было предложено применение Siamese сетей для картинок, где есть симметрия. Например – это суставы, и очевидно что лучше шарить фичи с левой и правой части при обучении и инференсе. Эксперименты показали, что так работает лучше чем не шарить.
  2. Одна из первых работ, где было предложено искусственно ограничивать attention сети, так как очень важно, чтобы она смотрела в правильные участки. Был так же показан GradCAM для оригинальной топологии сети.
  3. Показано на примерах с клинической точки зрения, что метод с немного меньшей точности лучше для докторов – они больше доверяют тому, что интерпретируется легко.
  4. SOTA перформанс
  5. Код открыт, чего не скажешь про другие статьи, где работают с медицинскими данными.

В заключение хочу сказать, что в медицине не очень важен буст в перформансе. Важна интерпретируемость сети. Более того, как мне кажется, в медицинских задачах finetuning все-таки не очень заходит и нужен немного особый подход.




Статьи выбираются либо из личного интереса, либо из-за близости к проходящим сейчас соревнованиям. Напоминаем, что описания статей даются без изменений и именно в том виде, в котором авторы запостили их в канал #article_essence. Если вы хотите предложить свою статью или у вас есть какие-то пожелания — просто напишите в комментариях и мы постараемся всё учесть в дальнейшем.

Вы можете помочь и перевести немного средств на развитие сайта



Комментарии (1):

  1. UlanMAM
    /#10737756

    Эх ты, жаловался, что рубрику прикрыли, а она еще есть оказывается. Такой вопрос к ODS(да и к любому, кто сможет ответить) — я новичок в сфере ML/DL, и интересует меня прежде всего приложения в медицине и биологии. Однако, и в слаке ODS, и на архиве(по русскоязычным авторам), такая тематика представлена заметно слабее, чем все остальное. В России проблемы с наличием спецов?